يدخل كونان وأصدقائه في لعبة خيال علمي اسمها كوكون ولكن يحدث أمر غريب وهو سيطرة برمجية اسمها سفينة نوح (بالإنجليزية: Noah s Ark) على نظام التحكم في اللعبة. يبدأ كونان وأصدقائه مغامرة داخل اللعبة في لندن القديمة ويحاولون البحث والقبض على شخصية جاك السفاح بمساعدة المتحري الشهير شارلوك هولمز (ما يميز اللعبة أنها تجمع بين شخصيات حقيقة مثل السفاح جاك وخيالية مثل شارلوك هولمز) إثر هذه المغامرة يكتشف أن رئيس شركة تقنية المعلومات التي برمجت الكوكون هو حفيد جاك السفاح! ينجح كونان في آخر اللعبة في إنقاذ أصدقائه من الموت ويتعرف على هيروكي سوادا المبرمج العبقري الذي أطلق برنامجه سفينة نوح إلى العالم الرقمي قبل أن ينتحر.